Data from: Mapping phenotypic, expression and transmission ratio distortion QTL using RAD markers in the Lake Whitefish (Coregonus clupeaformis)
Notice bibliographique
Résumé
The evolution of reproductive isolation in an ecological context may involve multiple facets of species divergence on which divergent selection may operate. These include variation in quantitative phenotypic traits, regulation of gene expression, and differential transmission of particular allelic combinations. Thus, an integrative approach to the speciation process involves identifying the genetic basis of these traits, in order to understand how they are affected by divergent selection in nature and how they ultimately contribute to reproductive isolation. In the Lake Whitefish (Coregonus clupeaformis), dwarf and normal species pairs sympatrically occur in several North American postglacial lakes. The limnetic dwarf whitefish distinguishes from its normal benthic relative by numerous life history, behavioural, morphological and gene expression traits, in relation with the exploitation of distinct ecological niches. Here, we have applied the RAD-Sequencing method to a hybrid backcross family to reconstruct a high-density genetic linkage map and perform QTL mapping in the Lake Whitefish. The 3061 cM map encompassed 3438 segregating RAD markers distributed over 40 linkage groups, for an average resolution of 0.89 cM. We mapped phenotypic and expression QTL underlying ecologically important traits as well as transmission ratio distortion QTL, and identified genomic regions harbouring clusters of such QTL. A narrow genomic region strongly associated with sex determination was also evidenced. Positional and functional information revealed in this study will be useful in ongoing population genomic studies to illuminate our understanding of the genomic architecture of reproductive isolation between whitefish species pairs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».