Mapping and characterizing ALS-linked TDP-43 protein-protein interactions
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a moto-neuron disorder in which an RNA-binding protein, TDP-43, mislocalizes and pathologically accumulates from its normal nuclear locale to the cytosol. Given that the subcellular localization and expression of TDP-43 is tightly regulated and affected by its protein-protein interactions (PPIs), we posit that identifying novel interactors of wild-type and mutant TDP-43 could reveal insight into networks involved in driving ALS pathogenesis. Using CRISPR/Cas9, our lab has generated knockin cell lines expressing GFP-tagged wildtype (WT) and an ALS-causing mutant (Q331K) TDP-43, in the endogenous TARDBP locus (coding for TDP-43). We have shown that the Q331K mutation causes loss-of-function and mislocalization of TDP-43. We have performed immunoprecipitation-mass spectrometry (IP-MS) on these cell lines to elucidate interactors of WT- and Q331K, TDP-43. Our data has shown that there is an overall loss of interactors with the Q331K mutation. We have analyzed these data using bioinformatic approaches to shortlist and validate 14 candidates. From this, 4 interactors have shown robust interaction with TDP-43 via IP-western blot. We are using cellular and biochemical assays to assess the effects of knockdown and overexpression of these top 4 hits on TDP-43 localization and loss-of-function. Using this unbiased approach, we will identify TDP-43 PPIs and characterize their roles in cellular functions in the context of ALS, giving insight into pathways involved in driving neurodegeneration.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle