Data from: Species diversification and phylogenetically constrained symbiont switching generated high modularity in the lichen genus Peltigera
Notice bibliographique
Résumé
1. Ecological interactions range from purely specialized to extremely generalized in nature. Recent research has showed very high levels of specialization in the cyanolichens involving Peltigera (mycobionts) and their Nostoc photosynthetic partners (cyanobionts). Yet, little is known about the mechanisms contributing to the establishment and maintenance of such high specialization levels. 2. Here, we characterized interactions between Peltigera and Nostoc partners at a global scale, using more than one thousand thalli. We used tools from network theory, community phylogenetics and biogeographical history reconstruction to evaluate how these symbiotic interactions may have evolved. 3. After splitting the interaction matrix into modules of preferentially interacting partners, we evaluated how module membership might have evolved along the mycobionts’ phylogeny. We also teased apart the contributions of geographical overlap vs phylogeny in driving interaction establishment between Peltigera and Nostoc taxa. 4. Module affiliation rarely evolves through the splitting of large ancestral modules. Instead, new modules appear to emerge independently, which is often associated with a fungal speciation event. We also found strong phylogenetic signal in these interactions, which suggests that partner switching is constrained by conserved traits. Therefore, it seems that a high rate of fungal diversification following a switch to a new cyanobiont can lead to the formation of large modules, with cyanobionts associating with multiple closely retated Peltigera species. 5. Finally, when restricting our analyses to Peltigera sister species, the latter differed more through partner acquisition/loss than replacement (i.e., switching). This pattern vanishes as we look at sister species that have diverged longer ago. This suggests that fungal speciation may be accompanied by a stepwise process of (1) novel partner acquisition and (2) loss of the ancestral partner. This could explain the maintenance of high specialization levels in this symbiotic system where the transmission of the cyanobiont to the next generation is assumed to be predominantly horizontal. 6. Synthesis. Overall, our study suggests that oscillation between generalization and ancestral partner loss may maintain high specialization within the lichen genus Peltigera, and that partner selection is not only driven by partners’ geographical overlap, but also by their phylogenetically conserved traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,029 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».