Data from: Exploring rainforest diversification using demographic model testing in the African foam-nest treefrog (Chiromantis rufescens)
Notice bibliographique
Résumé
Aim: Species with wide distributions spanning the African Guinean and Congolian rainforests are often composed of genetically distinct populations or cryptic species with geographic distributions that mirror the locations of the remaining forest habitats. We used phylogeographic inference and demographic model testing to evaluate diversification models in a widespread rainforest species, the African Foam-nest Treefrog (Chiromantis rufescens). Location: Guinean and Congolian rainforests, West and Central Africa. Taxon: Chiromantis rufescens. Methods: We collected mitochondrial DNA (mtDNA) and single nucleotide polymorphism (SNP) data for 130 samples of Chiromantis rufescens. After estimating population structure and inferring species trees using coalescent methods, we tested demographic models to evaluate alternative population divergence histories that varied with respect to gene flow, population size change, and periods of isolation and secondary contact. Species distribution models were used to identify regions of climatic stability that could have served as forest refugia since the Last Interglacial. Results: Population structure within Chiromantis rufescens resembles the major biogeographic regions of the Guinean and Congolian forests. Coalescent-based phylogenetic analyses provide strong support for an early divergence between the western Upper Guinean forest and the remaining populations. Demographic inferences support diversification models with gene flow and population size changes even in cases where contemporary populations are currently allopatric, which provides support for forest refugia and barrier models. Species distribution models suggest that forest refugia were available for each of the populations throughout the Pleistocene. Main conclusions: Considering historical demography is essential for understanding population diversification, especially in complex landscapes such as those found in the Guineo-Congolian forest. Population demographic inferences help connect patterns of genetic variation to diversification model predictions. The diversification history of Chiromantis rufescens was shaped by a variety of processes, including vicariance from river barriers, forest fragmentation, and adaptive evolution along environmental gradients.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».