Data from: RapidRat: development, validation and application of a genotyping-by-sequencing panel for rapid biosecurity and invasive species management
Notice bibliographique
Résumé
Invasive alien species (IAS) are among the main causes of global biodiversity loss. Invasive brown (Rattus norvegicus) and black (R. rattus) rats, in particular, are leading drivers of extinction on islands, especially in the case of seabirds where >50% of all extinctions have been attributed to rat predation. Eradication is the primary form of invasive rat management, yet this strategy has resulted in a ~10-38% failure rate on islands globally. Genetic tools can help inform IAS management, but such applications to date have been largely reactive, time-consuming, and costly. Here, we developed a Genotyping-in-Thousands by sequencing (GT-seq) panel for rapid species identification and population assignment of invasive brown and black rats (RapidRat) in Haida Gwaii, an archipelago comprising ~150 islands off the central coast of British Columbia, Canada. We constructed an optimized panel of 443 single nucleotide polymorphisms (SNPs) using previously generated double-digest restriction-site associated DNA (ddRAD) genotypic data (27,686 SNPs) from brown (n=295) and black rats (n=241) sampled throughout Haida Gwaii. The informativeness of this panel for identifying individuals to species and island of origin was validated relative to the ddRAD results; in all comparisons, admixture coefficients and population assignments estimated using RapidRat were consistent. To demonstrate application, 20 individuals from novel invasions of three islands (Agglomerate, Hotspring, Ramsay) were genotyped using RapidRat, all of which were confidently assigned (>98.5% probability) to Faraday and Murchison Islands as putative source populations. These results indicated that a previous eradication on Hotspring Island was conducted at an inappropriate geographic scale; future management should expand the eradication unit to include neighboring islands to prevent re-invasion. Overall, we demonstrated that RapidRat is an effective tool for managing invasive rat populations in Haida Gwaii and provided a clear framework for GT-seq panel development for informing biodiversity conservation in other systems.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».