Notice bibliographique
Résumé
This release contains many performance improvements, particularly to the CUDA and OpenCL platforms. The largest speedups are for very large systems, in the range of 1 million particles or more, which can now be much faster. Other simulations will also often be faster, though by smaller amounts. Some examples of cases that have been specifically optimized include PME on the OpenCL platform; very small systems (less than 3000 particles) on the CUDA platform; CUDA or OpenCL simulations on Windows; CUDA simulations that are parallelized across multiple GPUs; and CUDA or OpenCL simulations that use CustomHbondForce. This release adds a new class called ATMForce that implements the Alchemical Transfer Method. This is an efficient, relatively easy to use method for doing alchemical free energy calculations. See https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c01129 for more information. There is a new XTCReporter class for writing simulation trajectories to XTC files. This is an alternative to DCD for efficiently storing trajectories. It stores coordinates with reduced precision, which leads to significantly smaller files. When running local energy minimizations, it is now possible to pass a reporter to the minimizer. This allows you to monitor the progress of minimization and optionally to stop it early when custom criteria are met. The GromacsTopFile class now supports GROMACS files that use GROMOS force fields. This release adds a new piece of low level infrastructure for use when writing plugins: the CustomCPPForceImpl class. It is used for writing plugins that are implemented entirely in platform-independent C++. This is useful, for example, when writing plugins that interface to other libraries or programs. By using the new mechanism, the amount of code needed for plugins of that sort is dramatically reduced. One significant feature has been removed: GromacsTopFile can no longer read files that use implicit solvent. GROMACS removed all support for implicit solvent a few years ago, and it had not worked correctly for several years before that. OpenMM continued to support GROMACS files with implicit solvent, but it required you to have an increasingly obsolete version of GROMACS installed on your computer. That support has now been removed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,013 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,256 | 0,246 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».