Novel associations of BST1 and LAMP3 with rapid eye movement sleep behavior disorder: supplementary data
Notice bibliographique
Résumé
Objective: To examine the role of genes identified through genome-wide association studies (GWASs) of Parkinson disease (PD) in the risk of isolated rapid-eye-movement (REM) sleep behavior disorder (iRBD). Methods: We fully sequenced 25 genes previously identified in GWASs of PD, in a total of 1,039 iRBD patients and 1,852 controls. The role of rare heterozygous variants in these genes was examined using burden tests. The contribution of biallelic variants was further tested. To examine the potential impact of rare nonsynonymous BST1 variants on the protein structure, we performed in silico structural analysis. Finally, we examined the association of common variants using logistic regression adjusted for age and sex. Results: We found an association between rare heterozygous nonsynonymous variants in BST1 and iRBD (p=0.0003 at coverage >50X and 0.0004 at >30X), mainly driven by three nonsynonymous variants (p.V85M, p.I101V and p.V272M) found in 22 (1.2%) controls vs. two (0.2%) patients. All three variants seem to be loss-of-function variants with a potential effect on the protein structure and stability. Rare non-coding heterozygous variants in LAMP3 were also associated with iRBD (p=0.0006 at >30X). We found no association between rare heterozygous variants in the rest of genes and iRBD. Several carriers of biallelic variants were identified, yet there was no overrepresentation in iRBD. Conclusion: Our results suggest that rare coding variants in BST1 and rare non-coding variants in LAMP3 are associated with iRBD. Additional studies are required to replicate these results and examine whether loss-of-function of BST1 could be a therapeutic target.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,110 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».