Supporting information for "HormonomicsDB: A novel workflow for the untargeted analysis of plant growth regulators and hormones"
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Metabolomics allows for the simultaneous determination of all metabolites in a system. Despite significant advances in the field, compound identification remains a challenge. Prior knowledge of the compound classes of interest which are appropriate to a system can help to can help to improve metabolite identification. Hormones are a small signaling molecules, which function in coordination to direct all aspects of development, function and reproduction in living systems and which also pose challenges as environmental contaminants. By nature of their function, hormones are present at low levels in tissues, stored in many forms and mobilized rapidly in response to a stimulus making them difficult to measure, identify and quantify. Hormonomics is a new method for identification of all known and predicted hormones, their precursors, storage forms and metabolites in a biological system. We developed HormonomicsDB a tool which can be used to query an untargeted mass spectrometry (MS) dataset against a database of more than 200 known hormones, their precursors and metabolites. The protocol encompasses sample preparation, analysis, and data processing and is designed to minimize degradation of labile hormones. The plant system is used a model to illustrate the workflow and data acquisition and interpretation. Analytical conditions were standardized to a 30 min analysis time using a common solvent system to allow for easy transfer by a researcher with basic knowledge of MS. Incorporation of synthetic biotransformations algorithms allows for prediction of novel metabolites and conjugates. We performed a meta-analysis of 14 liquid chromatography-MS plant metabolomics studies using our HormonomicsDB web-tool. This protocol is suitable for use on any liquid chromatography-MS based system with compatible column and buffer system and enables the characterization of the known hormonome across a diversity of samples, as well as hypothesis generation to reveal knew insights into hormone signaling networks. Contained in this repository is the supporting information for this publication, including the summary list of all hormones archived in HormonomicsDB, and information from the meta-analysis described in this publication.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle