Data from: Assessing the potential of genotyping-by-sequencing-derived single nucleotide polymorphisms to identify the geographic origins of intercepted gypsy moth (Lymantria dispar) specimens: a proof-of-concept study
Notice bibliographique
Résumé
AbstractForest invasive alien species are a major threat to ecosystem stability and can have enormous economic and social impacts. For this reason, preventing the introduction of Asian gypsy moths (AGM; Lymantria dispar asiatica and L. d. japonica) into North America has been identified as a top priority by North American authorities. The AGM is an important defoliator of a wide variety of hardwood and coniferous trees, displaying a much broader host range and an enhanced dispersal ability relative to the already established European gypsy moth (L. d. dispar). Although molecular assays have been developed to help distinguish gypsy moth subspecies, these tools are not adequate for tracing the geographic origins of AGM samples intercepted on foreign vessels. Yet, this type of information would be very useful in characterizing introduction pathways and would help North American regulatory authorities in preventing introductions. The present proof-of-concept study assessed the potential of single nucleotide polymorphism (SNP) markers, obtained through genotyping-by-sequencing (GBS), to identify the geographic origins of gypsy moth samples. The approach was applied to eight laboratory-reared gypsy moth populations, whose original stocks came from locations distributed over the entire range of L. dispar, comprising representatives of the three recognized subspecies. The various analyses we performed showed strong differentiation among populations (Fst ≥ 0.237), enabling clear distinction of subspecies and geographic variants, while revealing introgression near the geographic boundaries between subspecies. This strong population structure resulted in 100% assignment success of moths to their original population when 2327 SNPs were used. Although the SNP panels we developed are not immediately applicable to contemporary, natural populations because of distorted allele frequencies in the laboratory-reared populations we used, our results attest to the potential of genome-wide SNP markers as a tool to identify the geographic origins of intercepted gypsy moth samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».