Phenotyping and genotyping of recombinant inbred lines and related parents of common bean (Phaseolus vulgaris L.) segregating for seed protein composition
Notice bibliographique
Résumé
The present dataset includes data acquired in support of a study whose objective was to determine whether a variation in seed protein composition can be used to improve the composition of essential amino acids, particularly the sulphur amino acids, methionine and cysteine, in the seed of common bean (Phaseolus vulgaris L.). The dataset includes a file (Table1_SuppInfo) combining phenotypic data on storage protein profile and amino acid concentrations with genotyping data obtained with the Infinium II BARCBean6K_3 BeadChip (Song et al. 2015 G3 5, 2285; doi:10.1534/g3.115.020594) for a population of recombinant inbred lines derived from a cross between Morden003 and SMARC1N-PN1, along with the following parental and related genotypes: Sanilac, SARC1, SMARC1-PN1, Great Northern US 1400, three Phaseolus coccineus accessions deficient in phaseolin and the wild P. vulgaris accession G12882. The following files are included: Dataset1_SuppInfo. SDS-PAGE of protein profiles of parents and recombinant inbred lines. M: Morden003; S: SMARC1N-PN1. Pop1 is indicated by the prefix F08-18-01 followed by a number; Pop2 by the prefix F08-18-02; and Pop3 by the prefix W09-01-01. The protein genotype is indicated by a color-coded arrow: blue, Morden003 genotype at both phaseolin and lectin loci (MM); green, Morden003 genotype at the phaseolin locus and SMARC1N-PN1 genotype at the lectin locus (MS); red, SMARC1N-PN1 genotype at the phaseolin locus and Morden003 genotype at the lectin locus (SM); and black, SMARC1N-PN1 genotype at both phaseolin and lectin loci (SS). Table1_SuppInfo. Genotypic and phenotypic information of parents, RILs and related genotypes. High-density SNP genotyping information is provided, along with the genotype at the phaseolin and lectin loci, and the concentration of cysteine, methionine, cysteine + methionine and S-methylcysteine. Average; n = 3. Table2_SuppInfo. Concentration of cysteine, methionine, cysteine +methionine and S-methylcysteine for a subgroup of RILs that was determined at the SPARC BioCentre of SickKids Hospital, Toronto, ON. Figure1_SuppInfo. Graphical representation of the genetic map of the Morden003 × SMARC1N-PN1 recombinant inbred population. Table3_SuppInfo. Information on SNP markers used to track phaseolin or lectin deficiency. Top panel provides genotyping results. Lower panel provides allele information. Table4_SuppInfo. Primer information of SNP markers used to track phaseolin or lectin deficiency. Dataset2_SuppInfo. Genotyping data obtained during the validation of marker ss715646356. RFU: relative fluorescence units. Dataset3_SuppInfo. Genotyping data obtained during the validation of marker ss715647037. RFU: relative fluorescence units. Dataset4_SuppInfo. Genotyping data obtained during the validation of marker ss715648961. RFU: relative fluorescence units. Dataset5_SuppInfo. Melt curves of SNP primers used with the (Tm)-shift SNP genotyping method. Dataset6_SuppInfo. Amino acid and protein profiles of each field plot for 7 SS lines at Morden (MF) and London (LF) (2014 and 2015).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».