BioNovoGene mzkit: Data toolkits for processing NMR, MALDI MSI, LC-MS and GC-MS raw data, chemoinformatics data analysis and data visualization
Notice bibliographique
Résumé
Mzkit is an open source raw data file toolkit for mass spectrometry data analysis, provides by the BioNovoGene corporation. The features of mzkit inlcudes: raw data file content viewer(XIC/TIC/Mass spectrum plot), build molecule network, formula de-novo search and de-novo annotation. This open source mass spectrometry data toolkit is developed at the BioDeep R&D laboratory and brought to you by BioNovoGene corporation. Downloads: http://www.biodeep.cn/downloads?lang=en-US new add tissue morphology map overlaps to MSI viewer new add tissue morphology map editor feature to create custom tissue region for data analysis new add HE stain image analysis module new add a new general table data viewer for open microsoft excel table files new add a general data visualization module for plot data based on the table viewer content new add new ggplot package for data plot pipeline task enhancement add data visualization template rendering for MS-imaging plot enhancement enable view multiple sample MS-imaging data enhancement add online pubchem metabolite database query function for the ion feature in MSI raw data enhancement add data compatibility with the bruker SCiLS lab software enhancement make improvements of the ms1 peak list data annotation function enhancement update internal metabolite database, extends database list from KEGG only to KEGG/lipidmaps/chebi enhancement make the molecular networking viewer interactive enhancement add ms1 peak deconvolution function to raw data viewer enhancement add peak finding analysis feature to the general signal data analysis enhancement new application installer experience enhancement upgrade the internal Rstudio environment from .NET4.8 assembly to .NET6.0 assembly enhancement add mzwork project file for share the workspace between the device enhancement make improvements of the MRM/GCMS targetted data viewer fixed add fix patch script to install internal Rstudio environment fixed upgrade mzPack format to version 2.0, make improvements of the data compatibility between the single sample data and multiple sample data fixed make bugs fixed of the style tweaking for raw data plot viewer fixed handling of the data serialization error when raw data file its file path is a windows UNC path
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,123 | 0,131 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».