Mitochondrial phylogenomics of liverworts
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Premise: Liverworts, with approximately 7,300 species worldwide, exhibit remarkable morphological diversity, in terms of growth form, ontogeny and architecture. Based on phylogenetic inferences drawn from DNA data, including recent genomic-scale data, the relationships among families and orders have been constantly revised and refined, although new topological incongruences have emerged. The liverwort mitochondrial genome exhibits lower average substitution rates compared to their nuclear and plastid genomes, and shows less structural variation, suggesting its suitability for inferring relationships at higher taxonomic levels. Methods: The mitochondrial genomes of 112 liverworts were sequenced, covering 105 species, 52 families and 18 orders. We analysed the structures of the liverwort mitogenomes using Mauve alignment. Maximum likelihood and Bayesian inference methods were used to infer a family-level phylogeny of liverworts. Results: We assembled the complete mitochondrial genome for 23 species and identified four new structural variants. Phylogenetic inferences from mitochondrial genome sequences confirmed the monophyly of most suprafamilial taxa, with the expectations of Porellales, Ptilidiales, and Pelliidae. Herzogianthus (Ptilidiales) was well-supported as a sister group to Jungermanniales sensu lato, rather than forming a monophyletic lineage with Ptilidium (Ptilidiales). Given its distinct morphological traits, this genus should be singled out and elevated to a new order. Conclusions: The overall architecture of liverwort mitogenomes remains highly conserved, with taxa that diverged over 470 Mya still having co-linear mitogenomes. This study provides a genetic resource for future evolutionary research across the liverworts and highlights the utility of mitogenome across lineages diversifying for 470 Mya, including for family‐level classification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».