Global Stem Respiration Dataset archived release supporting Zhang et al., 2025
Notice bibliographique
Résumé
This archived release corresponds to the dataset underlying the published analyses in Zhang et al. (2025)(DOI: 10.1126/science.adr9978). For broader reuse and later data expansions, please refer to the separately deposited expanded release.This dataset compiles observation data on CO2 emission from woody plant stems, including 4627 data globally, 4155 temporal data on one site, and warming experiment data. These data files were analyzed to produce the statistics and figures reported in the paper about thermal acclimation of stem respiration.The data sources from (a) data from existing datasets (TRY database, which includes the Functional Ecology of Trees (FET) dataset, ECOCRAFT dataset, Global Respiration Dataset, and Tropical Respiration Dataset), (b) data digitized from publications (journal articles and book chapters from 1966 to present), (c) data provided by coauthors.The file “GSRD_global.csv” includes individual measurements of stem respiration rate (and other correlated traits) where species and site information were provided, and with sufficient information to be able to reasonably assign geographic coordinates, and thus climate data, for each sample. Each row represents an individual respiration rate datum, with each column reflecting a distinct variable including references, latitude and longitude, climate zones, species names (authorities), genus, family, group, plant functional types, measurement methods, average temperature during the growing season, average diameter at breast height, wood density, measured temperature, surface area-based stem respiration rate, mass-based stem respiration rate, and standardized mass-based stem respiration rate at 25 degrees Celsius. To ensure all the data were processed in the same way, this dataset excluded observations without stem diameter information. The measurements are from 67 sites worldwide on 186 species, and a total of 4627 observations for global analysis.The file “GSRD_seasonal.csv” includes 4155 observations of stem respiration rate for seasonal analysis, including the species black spruce, aspen and jack pine. Lavigne and Ryan measured stem respiration during the 1994 growing season at eight sites with contrasting climates. Here is a subset including data from one site near the northern boundary of the boreal region, close to Thompson, Manitoba (55.90°N, 98.75°W), where measurements were made between May to September 1994.The file “GSRD_warmingExp.csv” includes data from a warming experiment conducted by Smith et al.. They examined the thermal acclimation of stem respiration in individuals of five different woody species acclimated to five temperatures: 15, 20, 25, 30, 35 degrees Celsius on each individual following a 7-day acclimation period.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,132 | 0,135 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».