Detection and quantification of airborne spores from six important wheat fungal pathogens in southern Alberta
Notice bibliographique
Résumé
Wheat is affected by many fungal diseases that can cause severe yield and quality losses. Disease prediction models generally employ weather data to estimate potential for infection to determine timing for fungicide applications, but these models fail to account for the presence and quantity of pathogen inoculum. This study adapted highly specific qPCR primers to identify and quantify, in real-time, inoculum present in air for the six most important wheat pathogens in Canada. Fungal spores were collected using either Burkard spore collectors and quantified using qPCR or microscope slides covered with adhesive tape and identified and quantified using microscopy. Samples were collected from seven different sites in southern Alberta throughout the 2015–2017 growing seasons. The results demonstrated that qPCR can reliably identify and quantify spores from Puccinia striiformis f. sp. tritici, P. triticina, P. graminis f. sp. tritici, Blumeria graminis f. sp. tritici, Pyrenophora tritici-repentis, and Fusarium graminearum. The limits of detection of DNA for primer pairs in singleplex tests ranged from 0.0001 ng for P. graminis to 0.001 ng for P. tritici-repentis, which corresponded to approximately 3 spores for P. tritici-repentis and F. graminearum and 1 spore for the other pathogens. Conversely, microscopy permitted identification of rusts to the genus but not to the species level and was ineffective in quantification of the remainder of the wheat pathogens. This study will contribute to the development of a fast and reliable forecasting system that will enable identification and quantification of airborne pathogens in real-time before initial disease symptoms appear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».