Additional file 2 of Altered respiratory microbiota composition and functionality associated with asthma early in life
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure. S1. Analytical flowchart outlining data curation and metrics used for analysis. Figure. S2. Bacterial sequence curation and analysis. We sequenced 16Sv4 amplicons generated from DNA samples on a MiSeq. MiSeq-generated Fastq files were quality-filtered and clustered into 97% similarity operational taxonomic units (OTUs) using the mothur software package [ http://www.mothur.org ]. The per-base raw Q30 (Phred33) scores of the forward sequencing read are summarized (A). Sequencing quality for R1 and R2 was determined using FastQC 0.11.5, the per-sequence averaged raw Q30 (Phred33) scores of the forward sequencing read are summarized (B). Figure. S3. Fungal sequence curation and analysis. We sequenced ITS2 amplicons generated from DNA samples on a MiSeq. MiSeq-generated Fastq files were quality-filtered and clustered into 97% similarity operational taxonomic units (OTUs) using the mothur software package [ http://www.mothur.org ]. The per-base raw Q30 (Phred33) scores of the forward sequencing read are summarized (A). Sequencing quality for R1 and R2 was determined using FastQC 0.11.5, the per-sequence averaged raw Q30 (Phred33) scores of the forward sequencing read are summarized (B). Figure. S4. Aggregated taxonomic composition. High quality reads were classified using Greengenes v. 13_8 as the reference database for bactria and UNITE (v. 7.1) as the reference database for fungi. We aggregated OTUs into each taxonomic rank, the aggregated taxa were visualized at each taxanomic rank using taxanomic bar plots and plotted the relative abundance of the most abundant ones for bacteria (A) and Fungi (B). The unfilled portion of the bar plots represent lower-abundance taxa.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,888 | 0,146 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».