Differential Gene Expression and Hallmarks of Stemness in Epithelial Cells of the Developing Rat Epididymis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Epididymal development can be subdivided into three phases: undifferentiated, a period of expansion, and a period of differentiation. The objectives of this study were: (1) to assess gene expression profiles in epididymides; (2) predict signalling pathways and (3) develop a novel 3D cell culture method to assess the regulation of epididymal development in vitro . Microarray analyses indicate that the largest changes in differential gene expression occurred between the 7 to 18-day period, in which 1452 genes were differentially expressed; while 671 differentially expressed genes were noted between day 18 and 28, and there were 560 differentially expressed genes between days 28 and 60. Multiple signalling pathways were predicted at different phases of development. Pathway associations indicated that in epididymides of 7 to 18-day old rats. there was a significant association of regulated genes implicated in stem cells, estrogens, thyroid hormones, and kidney development, while androgen- and estrogen-related pathways were enriched at other phases of development. Organoids were derived from CD49f+ columnar cells from 7-day old rats, while no organoids developed from CD49f- cells. Cells cultured in an epididymal basal cell organoid medium versus a commercial kidney differentiation medium supplemented with DHT revealed that irrespective of the culture medium, cells within differentiating organoids expressed p63, AQP9 and V-ATPase after 14 days of culture. The commercial kidney medium resulted in an increase in the number of organoids positive for p63, AQP9, and V-ATPase. Together, these data indicate that columnar cells represent an epididymal stem/progenitor cell population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».