Additional file 8 of Determinants of substrate specificity in a catalytically diverse family of acyl-ACP thioesterases from plants
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 8: Fig. S4. Full-length membranes used for immunodetection of ALT proteins following transfer from Tris-Tricine SDS-PAGE gels and staining with Ponceau S, and following immunodetection with anti-T7 mouse monoclonal primary antibody and an anti-mouse horseradish peroxidase-conjugated secondary antibody. Ponceau-stained membranes were imaged under white light with an exposure time of 1/30s. Probed membranes were imaged at 59 s exposure using a BioRad ChemiDoc XRS+ system with ImageLab v6.0.1 software. Black rectangles delineate where Ponceau-stained membranes were cut prior to being probed with antibody, and the boundaries of probed membranes. Red rectangles indicate regions where membranes were cropped to construct Fig. 5. Graphs relating ALT protein accumulation to total FA + MK productivity in E. coli are shown to the right of each membrane. Total FA + MK productivity of ALTs, in units of nmol / mL OD600 is represented by grey bars, with bar height corresponding to values on the left-hand vertical axis. Dots (●) indicate relative expression levels of the heterologously expressed ALT proteins, with values on the right-hand vertical axis. Thioesterase productivity values reported are the average of triplicate samples, with error representing ± SE (data shown in Table S2). Relative protein expression levels were calculated by normalizing ALT band volume (intensity) on antibody-probed membranes to total lane volume on Ponceau S-stained membranes in ImageLab v6.0.1 software. Unlabelled lanes represent E. coli strains expressing ALT constructs that were not analyzed further in this work.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,877 | 0,256 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».