Additional file 1 of Patterns of genomic instability in > 2000 patients with ovarian cancer across six clinical trials evaluating olaparib
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Summary of ovarian cancer trials included in this analysis. Table S2. Assessment of mutation status and GIS in the ovarian cancer trials used in this analysis. Table S3. Full gene panel included in the Myriad tumor tissue testa (Myriad Genetic Laboratories, Inc.). Figure S1. GIS distribution by patient race in (A) all patients and (B) patients with a tBRCAm, by tumor histology in (C) all patients and (D) patients with a tBRCAm, and by primary tumor location in (E) all patients and (F) patients with a tBRCAm. Figure S2. GIS distribution in tumors with and without tBRCAm by individual study in PAOLA-1, OPINION, LIGHT, Study 19, SOLO1, and SOLO2. Figure S3. GIS distribution in tumors from patients (A) in response after first-line platinum-based chemotherapy and (B) with platinum-sensitive relapsed disease, and (C) GIS distribution by germline and somatic tumor BRCAm status and in non-tBRCAm tumors. Figure S4. (A) Gene-specific zygosity in tumors with BRCA1m or BRCA2m, (B) gene-specific zygosity and the rate of biallelic loss in tumors with a BRCAm, and (C) gene-specific zygosity and the rate of biallelic loss in tumors with germline BRCA1m or BRCA2m and somatic BRCA1m or BRCA2m. Figure S5. Gene-specific zygosity in patients with BRCA1m or BRCA2m by individual study. Figure S6. GIS distribution in (A) non-BRCA HRRm tumors from patients in response after first-line platinum-based chemotherapy and with platinum-sensitive relapsed disease and (B) in tumors with non-BRCA HRRm by individual study in PAOLA-1, OPINION, LIGHT, and Study 19. Figure S7. GIS distribution in patients with non-BRCA HRRm by individual study (PAOLA-1, OPINION, LIGHT, and Study 19). Figure S8. Genomic alterations detected in PAOLA-1, OPINION, LIGHT, and Study 19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,036 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,744 | 0,044 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».