Additional file 7 of Revealing the composition of the eukaryotic microbiome of oyster spat by CRISPR-Cas Selective Amplicon Sequencing (CCSAS)
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 7: Figure S4. Summary of the number of eukaryotic species at each D7 taxonomic level that the sgRNA can cut at the V4 region of the 18S rRNA genes that are flanked by the 18S "universal" primer set TAReuk454FWD1 / TAReukREV3 [54]. These nine sgRNAs, which are among 205242 unique taxon-specific sgRNA designed from the SILVA SSU database (version 119) [80] using CasOligo, are selected to show that some sgRNAs can target more than 1000 species and broad taxonomic groups based on an in-silico analysis (i.e. 100% match to the 18S rRNA gene sequences of the metazoan host at the gRNA-target-site, but no match for protists and fungi). Taxon names on the left side of the panel are shown as SILVA taxonomic hierarchy with levels ranging from D0 (kingdom) to D7. The D7 taxonomic level comprises eukaryotic classes and families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,824 | 0,191 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».