Additional file 1 of Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1 : Supplemental Figure S1. UCSC Genome Browser view of the NEGR1 locus. Layered ChIP-seq tracks for the active enhancer histone mark H3K27Ac, DNase clusters (corresponding to accessible chromatin) and transcription (Txn) factor binding data from the ENCODE project are shown. The data indicate that the deleted region upstream of NEGR1 in pHGG patients may harbor regulatory regions. Supplemental Figure S2. The deletion upstream of NEGR1 appears to have specific effects on the transcription of this gene. (A-B) Transcription of ZRANB2, the gene immediately downstream of NEGR1, is detected in our scRNA-seq datasets. (C) Single-cell transcriptomics data for 14,963 cells isolated from human hippocampus and cortex. This tSNE plot describes the clustering of different cell populations present in these brain regions. (D) Transcription of NEGR1 is detected in single-cells isolated from human hippocampus and cortex. Supplemental Table S1. Patient and sample information.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,841 | 0,126 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».