Additional file 1 of A genome-wide gene-environment interaction study of breast cancer risk for women of European ancestry
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. A genome-wide gene-environment interaction study of breast cancer risk for women of European ancestry. Supplementary Table 1: Participating studies with number of total cases and controls per study. Supplementary Table 2: Detailed information of the characteristics of the study population by study design and case-control status. Supplementary Table 3: Associations of epidemiological risk factors for overall and ER-specific subtype breast cancer risk in population-based and cohort studies. Supplementary Table 4: Stratified analysis results for genome-wide significant interaction results by categories of risk factors. Supplementary Figure 1: Quantile-Quantile (Q-Q) plots of genome-wide interaction of A) Adult height on overall breast cancer risk and B) Age at menarche on ER+ breast cancer risk. Supplementary Figure 2: Frailty-scale heritability explained by GxE interaction on overall and estrogen receptor positive breast cancer risk. Supplementary Figure 3: Regional association plot for the interaction analyses between SNP rs80018847 and adult height for overall breast cancer risk. Supplementary Figure 4: Regional association plot for the interaction analyses between SNP rs4770552 and age at menarche for ER+ breast cancer risk. Supplementary Figure 5: Power (x-axis) to detect gene-environment interaction odds ratio (y-axis) at different minor allele frequencies (0.01 to 0.5: legend below) for 1:1 unmatched case-control study for different sample sizes (N = 40,000 to 120,000 with 10,000 increment). Power calculation was performed by Quanto 1.2.4, assuming a log additive model with SNP marginal effect estimate as 1.10, marginal effect estimate of the environmental risk factor as 1.20, and a two-side alpha of 5 x 10-08. We also assumed a 15% prevalence of the environmental risk factor and 1% prevalence of the disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,025 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,842 | 0,092 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».