Additional file 2 of Investigating the genetic architecture of disease resilience in pigs by genome-wide association studies of complete blood count traits collected from a natural disease challenge model
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S4. Multidimensional scaling (MDS) plots showing the first three dimensions (C1, C2, and C3) of the population structure for genotyped animals based on pairwise identity-by-state distance. Figure S5. (A) Manhattan plot for EOSB3. (B) Quantile-Quantile plot for EOSB3; Figure S6. (A) Manhattan plot for MONO ∆ 13. (B) Quantile-Quantile plot for MONO ∆ 13; Figure S7. Manhattan plots (A, C, E) and Quantile-Quantile plots (B, D, F) for MCH in Blood 1, Blood 3, and Blood 4, respectively; Figure S8. Manhattan plots (A, C) and Quantile-Quantile plots (B, D) for MCHC in Blood 3 and for the change of MCHC from Blood 1 to Blood 4, respectively; Figure S9. Manhattan plots (A, C, E) and Quantile-Quantile plots (B, D, F) for MCV in Blood 1, Blood 3, and Blood 4, respectively; Figure S10. Manhattan plots (A, C, E) and Quantile-Quantile plots (B, D, F) for RBC in Blood 1, Blood 3, and Blood 4, respectively; Figure S11. Manhattan plots (A, C) and Quantile-Quantile plots (B, D) for MPV in Blood 1 and Blood 4, respectively; Figure S12. Manhattan plots (A, C, E) and Quantile-Quantile plots (B, D, F) for PLT in Blood 1, Blood 3, and Blood 4, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,791 | 0,096 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».