Additional file 1 of Variant in NHLRC2 leads to increased hnRNP C2 in developing neurons and the hippocampus of a mouse model of FINCA disease
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Detailed description of the materials and methods, supplementary figures S1- S11, and supplementary tables S1-S6. Materials and methods include generation of FINCA mouse, used animals, genotyping, Sanger equencing, histology, blood analysis, ISH, NPC culture, 2DE-DIGE, mass spectrometry, qPCR, immunoblotting, ICC, data analysis, and statistical considerations. Fig. S1 Genotyping and Sanger sequencing of three founders obtained from microinjections of Cas9 ribonucleoprotein and ssODN into mouse zygotes. Fig. S2 SDS-PAGE immunoblotting showing decrease of NHLRC2 in different brain regions and different tissues of Nhlrc2FINCA/− mice compared to wild type mice. Fig. S3 SDS-PAGE immunoblotting comparing the amount of NHLRC2 between wildtype, homozygous Nhlrc2FINCA/FINCA and compound heterozygous Nhlrc2FINCA/− mice. Fig. S4 Representative images of Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− mouse lung and liver sections. Fig. S5 NPC isolation and culture. Fig. S6 Representative 2D gel of NPCs (wild type). Fig. S7 STRING network analysis of identified proteins. Fig S8 SDS-PAGE immunoblot and 2D gel immunoblotof Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− NPC lysates with VCP antibodies. Fig. S9 hnRNP C2 ICC image of Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− NPCs showing normal cellular localization. Fig. S10 SDS-PAGE immunoblotting of Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− cerebellum and brainstem. Fig. S11 ISH of Nhlrc2FINCA/− mouse brain. Table S1 Genotyping primers. Table S2 qPCR primers. Table S3 Genotype distribution of Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− mouse offspring. Table S4 Blood values of Nhlrc2+/+ and Nhlrc2FINCA/− mice. Table S5 Detailed statistical and MS data about the proteins identified from 2DE-DIGE. Table S6. qPCR results of expression levels of genes identified in 2DE-DIGE.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,826 | 0,111 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».