Additional file 1 of Unexpected organellar locations of ESCRT machinery in Giardia intestinalis and complex evolutionary dynamics spanning the transition to parasitism in the lineage Fornicata
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Additional Material 1-Supplementary Figure 1. The ESCRT machinery is composed of five sub-complexes each functioning consecutively for recruitment of the downstream subcomplex. The process begins with the recruitment of ESCRT0 or its analogue TOM1-esc for recognition of tagged Ubiquitin on cargo, and endosomal membrane phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns [3]P) upon which the ESCRTI, composed of VPS23, VPS28, and VPS37, is recruited, with its only known role being ubiquitin recognition via its UIM domain [18]. The assembly of ESCRTI then leads to assembly of the heterotetrameric ESCRTII consisting of VPS36, VPS22, and two copies of VPS25 which also bind to PtdIns [3]P via the FYVE domains [18]. Finally, this leads to the recruitment of the ESCRTIII machinery, a heteropentameric complex consisting of SNF7-domain containing family proteins, VPS20, VPS32, VPS2, VPS24, and CHMP7 [18]. A filamentous VPS32 polypeptide capped by VPS2 and VPS24 (also belonging to the paralagous SNF7-domain containing family of proteins) induces ILV formation by constricting the neck of the budding vesicle, a process which is catalysed by the ESCRTIIIA VPS4, an AAA+ ATPase [18]. It is also hypothesized that ESCRTIIIA components such as VPS31 and VPS46 are required for stabilizing the sub-complexes during the budding processes while others are needed for recycling of the complexes back into the cytosol once the process is complete [18]. Figure adapted from Stenmark and Raiborg [18].
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,839 | 0,185 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».