Additional file 2 of Gut microbiome is linked to functions of peripheral immune cells in transition cows during excessive lipolysis
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. The single-cell landscape of the peripheral immune cells in cows with low (LNF) and high lipolysis (HNF). A. T-distributed stochastic neighbor embedding (T-SNE) plot map of cell type clustering from the peripheral immune cells of LNF and HNF cows. B. The violin plot of the marker genes expressed in each clusters. Figure S2. Top ten representative immune biological pathways that enriched from the up-regulated differential expressed genes of immune cells isolated from HNF cow. Pathways are presented as log10 p-value and color scheme is used to indicate immune cell population. MON: monocyte; NEU: neutrophil. Figure S3. The bile acid profile in plasma and feces of cows with low (LNF) and high lipolysis (HNF). A. The percentage of plasma bile acid in two groups. B. The percentage of fecal bile acid in two groups. TDCA: Taurodeoxycholic acid; TCA: Taurocholic acid; CDCA: Chenodeoxycholic acid; CA: Cholic acid; TCDCA: Taurochenodeoxycholic acid; GCA: Glycocholic acid; GCDCA: Glycochenodeoxycholic acid; HDCA: Hyodeoxycholic acid; THDCA: Taurohyodeoxycholic acid; AlloCA: Allocholic acid; UDCA: Ursodeoxycholic acid; DCA: Deoxycholic acid; LCA: Lithocholic acid; ApoCA: Apocholic acid; GDCA: Glycodeoxycholic acid; 7-KDCA: 7-ketodeoxycholic acid; 7-KLCA: 7-Ketolithocholic acid; 12-KLCA: 12-ketolithocholic acid; 3-DHCA: 3-dehydrocholic acid; TLCA: Taurolithocholic acid; GLCA: Glycolithocholic acid; Total α-MCA: α-Muricholic acid; γ-MCA: γ-muricholic acid; isoLCA: Isolithocholic acid; TMCA: Tauro-muricholic acid; TUDCA: Tauroursodeoxycholic acid. LNF: cows with low lipolysis; HNF: cows with high lipolysis. * P-value < 0.05; # 0.05 < P-value < 0.10. Figure S4. The functional changes and associations with bile acid related gene set. A. The enriched decreased biological process of FCGR3A+MON in HFNC compared to LFNC. B. Correlation of bile acid metabolism to the major decreased functions in FCGR3A+MON. LNFC: cow with low lipolysis; HNFC: cow with excessive lipolysis; MON: monocyte.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,857 | 0,116 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».