Additional file 1 of Host species and habitat shape fish-associated bacterial communities: phylosymbiosis between fish and their microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Relative abundance of bacterial community composition presented at the phylum level for gut, skin, and water microbiota (samples are combined across sample types). Phyla with less than 0.01% of relative abundance are combined and presented as “others”). Figure S2. Bacterial community composition (relative abundance at the family level) for gut, skin, and water microbiomes across all fish species collected at three sites in the Great Lakes (Lake Erie, Lake Ontario and Detroit River). Bacterial families with less than 0.1% relative abundance are combined and presented as “others”. Fig S3. LASSO regression analysis was used to indentify the best predictor variables for gut samples based on their alpha (Shannon entropy, PD, Chao1) and beta diversity (PCoA 1- 5) indices. Inside each bar is showing the coeffitient value and X axis is showing the importance of the predictor variable for alpha and beta diversity indices. Diet, location and fish species was identified as the best predictor for most of the diversity indecies. Fig S4. LASSO regression analysis was used to indentify the best predictor variables for fish skin samples based on their alpha (Shannon entropy, PD, Chao1) and beta diversity (PCoA 1- 5) indices. Inside each bar is showing the coeffitient value and X axis is showing the importance of the predictor variable for alpha and beta diversity indices. Location and fish species was identified as the best predictor for most of the diversity indecies. Figure S5. Scatterplot of pairwise host phylogenetic distance vs pairwise Bray Curtis dissimilarity for both gut (a) and skin (b) samples. Samples were combined within host species. Host phylogenetic distance was estimated using of CO1 and CytB mitochondrial gene sequences. Table S1. Summary of Great Lakes fish species sampled for gut and skin microbiome. We provide a description of the sample locations and total sample size. Table S2. Comparison of differentially abundant bacterial taxa at the family level for gut and skin microbiomes across all fish species and sample locations using DESeq2 method (Benjamini-Hochberg false-discovery rate [BH FDR] 0.05, |log2fold change| > 2). Positive log2 FC indicate higher abundance in skin samples and negative log2 FC specify higher abundance in gut samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,882 | 0,173 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».