Additional file 1 of Whole-genome sequencing analysis of two heat-evolved Escherichia coli strains
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Supplementary Table S1. BM28 and BM28 ΔlysU NextSeq 2000 Illumina WGS data statistics. Supplementary Table S2. BM28 Oxford Nanopore WGS data statistics. Supplementary Table S3. Large deletions in BM28 and BM28 ΔlysU. Supplementary Table S4. BM28 and BM28 ΔlysU mutation details. Supplementary Table S5. High temperature growth scores of BM28-related cells with and without pOF39. Supplementary Table S6. Smaller BM28 and BM28 ΔlysU indels. Supplementary Table S7. PANTHER Overrepresentation Test of BM28 mutations using the Annotation Data Set GO cellular component complete. Supplementary Table S8. PANTHER Overrepresentation Test of BM28 ΔlysU mutations using the Annotation Data Set GO cellular component complete. Supplementary Table S9. Motility of DH10B, MG1655, BM28 and BM28 ΔlysU. Supplementary Figure S1. The 12 bp of homology between dinB and mhpE. Supplementary Figure S2. The O-antigen deletion in BM28 and BM28 ΔlysU. Supplementary Figure S3. BM28 and BM28 ΔlysU SNP mutation spectra. Supplementary Figure S4. Differences between BM28 and BM28 ΔlysU. Supplementary Figure S5. Growth of BM28 and BM28 ΔlysU on LB agar (left) and LB + Cb agar (right). Supplementary Figure S6. DH10B BM28 gDNA transformation plate. Supplementary Figure S7. PCR of BM28 gDNA using pOF39-specific primers. Supplementary Figure S8. Alignment of wildtype IS10R, wildtype IS10L and the IS10L/R hybrid from the BM28 Tn10. Supplementary Figure S9. Alignment of wildtype IS10R, wildtype IS10L and the IS10L/R hybrid from the BM28 ΔlysU Tn10. Supplementary Figure S10. Sequence logo of the IS10R target sequence, made using WebLogo (https://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi). Supplementary Figure S11. Rho T96 is located on the surface of the protein and does not contact RNA polymerase nor other Rho monomers. Supplementary Figure S12. RpoC A595 is located on the surface of the protein and does not contact other RNA polymerase components, nor Rho. Supplementary Figure S13. RpoC T1135 is in close proximity to DksA, namely, DksA residue D90 (the closest distance, represented by a pink dotted line, is 7.1 Å). Supplementary Figure S14. RpoC T1135, DksA and a ppGpp molecule are fairly close to the active site magnesium ion of the RNA polymerase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,648 | 0,144 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».