Additional file 1 of Design and fabrication of an improved dynamic flow cuvette for 13CO2 labeling in Arabidopsis plants
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Spectral output of light emitting diodes (LEDs) used in growth chamber and labeling experiments. The measured light spectrum of natural sunlight is provided for comparison. All spectra were measured with a Licor LI-180 radio spectrometer. PPFD, photosynthetically active photon flux density (μEinsteins m-2 s-1). Fig. S2. Schematic of cuvette design created in Fusion360 (Autodesk). All dimensions are shown in mm. Fig. S3. Relative distribution of 13C labeled isotopologs of the central metabolic intermediates described in Figure 5 during a whole plant time-course labeling series. A, Relative isotopolog abundance of triose phosphate. B, Relative isotopolog abundance of MEcDP. C, Relative isotopolog abundance IDP & DMADP. See “Methods and materials” for additional details on the acquisition of metabolite labeling data. Fig. S4. Representative LCMS/MS and GCMS chromatograms of 13C labeled plant metabolites analyzed in this study. A-D were acquired by LCMS/MS in multiple reaction monitoring mode and E by GCMS. A, Separation of triose-phosphate and glycerol 3-phosphate standards (black line = m/z 169 → 79; orange line = m/z 171 → 79). B, Triose-phosphate in labeled Arabidopsis extracts showing individual isotopologs (m/z 169 – 172 → 79) after 30 min labeling and their separation from glycerol-3-phosphate (m/z 171 → 79). A and B were resolved on a Luna C-18(2) column (100 mm × 2.0 mm, 2.5 mm particle size; Phenomenex) (see “Methods and materials”). C, Analysis of 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiposphate (MEcDP, m/z 277 → 79). D, Isopentenyl and dimethylallyl diphosphate (IDP+DMADP, m/z 245 → 79). C and D were separated on a HILIC column. E, GCMS analysis of (-)-isomenthone in a Pelargonium graveolens leaf surface extract.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,831 | 0,205 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».