Additional file 2 of The Parkinson’s disease risk gene cathepsin B promotes fibrillar alpha-synuclein clearance, lysosomal function and glucocerebrosidase activity in dopaminergic neurons
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 2. Supplemental Figure 1: A) Immunofluorescent staining of parental (AIW002-02) and SNCA-KO iPSCs for pluripotency markers. B) Karyotype analysis of SNCA-KO iPSCs. C) Genome stability analysis of SNCA-KO iPSCs. D) Protein levels of alpha-synuclein in control versus SNCA-KO iPSCs after differentiation into dopaminergic neurons. E) Pluripotency marker expression in CTSB-KO iPSCs. F) Karyotype analysis of CTSB-KO iPSCs. G) Genome stability analysis of CTSB-KO iPSCs. H) Protein levels of cathepsin B in control versus CTSB-KO iPSCs after differentiation into dopaminergic neurons. Supplemental Figure 2:A) Differentiation of AIW002-2 iPSCs into dopaminergic neurons labelled for Map2 and tyrosine hydroxylase (TH). B) Percentage of TH-positive cells at 2 , 4, 6 and 8 weeks of differentiation. C) Representative electron microscopy imaging of a-syn PFFs. D) Measurement of a-syn PFF fibril size. Supplementary Figure 3: Immunofluorescent characterization of 5-month old midbrain organoids generated from SNCA triplication or SNCA-KO iPSCs. A-C) Markers of specific cell types present in SNCA triplication midbrain organoids including dopaminergic neurons (panel A, TH and GIRK2), inhibitory neurons (panel B, Map2 and GAD67), and astrocytes (panel C, GFAP). Oligodendrocytes (OLIG2) were not detected. D, E) Representative immunofluorescent images depicting a-syn expression in either SNCA triplication or SNCA-KO organoids demonstrating specificity of a-syn detection. Nuclei are indicated in blue (Hoechst), total neuronal content indicated in yellow (Map2), dopaminergic neurons are stained in red (TH – tyrosine hydroxylase), and a-syn is shown in green.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,871 | 0,164 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».