Additional file 1 of LongStitch: high-quality genome assembly correction and scaffolding using long reads
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Table S1. Sequencing data used for the correction and scaffolding runs. Table S2. Baseline assemblies used for correction and scaffolding runs. Table S3. Availability of baseline assemblies used for correction and scaffolding runs. Table S4. Reference genome builds used for QUAST assembly analysis. Table S5. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running the default steps of LongStitch (up to ntLink) on human assemblies. Table S6. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running LRScaf on human assemblies. Table S7. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running OPERA-LG on human assemblies. Table S8. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running LongStitch, LRScaf and OPERA-LG on C. elegans assemblies. Table S9. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running LongStitch, LRScaf and OPERA-LG on O. sativa assemblies. Table S10. Positive predictive value (PPV) and true positive rate (TPR) of Tigmint-long. Table S11. Contiguity, correctness and benchmarking statistics for running LongStitch including the optional the ARKS-long step on human assemblies. Table S12. Summarizing the number of matching minimizers per ntLink-joined contig pair. Figure S1. Schematic describing gap size estimation algorithm in ntLink. Figure S2. Contiguity and correctness statistics of assemblies improved using LRScaf with different parameter combinations and LongStitch. Figure S3. Jupiter consistency plots showing the contiguity and correctness of LongStitch and LRScaf assemblies. Figure S4. Benchmarking results of improving assemblies with LongStitch, LRScaf or OPERA-LG. Figure S5. Contiguity and correctness results for each step the LongStitch pipeline, including the optional ARKS-long step, LRScaf and OPERA-LG on human assemblies. Figure S6. Benchmarking results for LRScaf and the LongStitch pipeline including the optional ARKS-long step on human assemblies. Figure S7. Time breakdown for each of the steps in LongStitch, including the optional ARKS-long step, and LRScaf. Figure S8. Contiguity and correctness results from sweeping on the ntLink k and w parameters for the default steps of LongStitch. Figure S9. Benchmarking results from sweeping on the ntLink k and w parameters for the default steps of LongStitch.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,732 | 0,249 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».