Additional file 6 of A minimized symbiotic gene set from the 1.68 Mb pSymB chromid of Sinorhizobium meliloti reveals auxiliary symbiotic loci
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 6: Fig. S4. Symbiotic phenotype of key strains on the alternate S. meliloti host Melilotus officinalis (yellow sweet clover) and the consistent nodule morphology of exclusively Fix− SmB1.0 nodules. (A) The shoot dry weight of M. officinalis inoculated with SmB1.0 was consistently Fix− and indistinguishable from un-inoculated controls (red). This appears to be due to the simultaneous removal of the B301 and B307 regions as seen when M. officinalis is inoculated with SmB1.0+ pSymBΔB302ΔB307. The addition of pSymBΔB302 to SmB1.0 was able to restore the symbiosis wild-type levels as was seen with alfalfa (light blue). SmB2.0 was Fix+ with M. officinalis at a level below that seen with alfalfa (orange). Mean shoot height differences were assessed using one-way ANOVA followed by a Tukey multiple comparison test. (B-D) Wild-type-inoculated nodules of M. officinalis 5 weeks post-inoculation displayed typical development with highly elongated bacteroids. (E-J) SmB1.0-inoculated nodules of M. officinalis 5 weeks post-inoculation exhibited consistent early arrest of nodule development (E-F, further magnified in G) with poorly elongated bacteria (H). Proximal part of the nodule was often devoid of infected cells and possessed numerous infection threads (I-J). Nodules were fixed and stained with the DNA-binding dye SYTO13. Images are representative of a minimum of five independent nodules examined. Scale bars: (B, E-G) 100 μm; (C-D, H-J) 25 μm. Arrowheads point to examples of bacteria in infection threads.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,819 | 0,194 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».