Additional file 4 of Population structure, genetic diversity and pathotypes of Streptococcus suis isolated during the last 13 years from diseased pigs in Switzerland
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 4. Alignment of target gene sequences and the corresponding amino acid sequences used by pathotyping. Sequence alignment of copper ATPase 1-gene (A and B) and partial gene sequence alignment of type I RM system S protein-gene (C and D) of invasive disease-associated isolates of Swiss S. suis in comparison to the highly virulent reference strain P1/7 are shown visualizing different gene variants and its corresponding protein sequences. Conserved, matching nucleotide residues are illustrated as blue dots, whereas red represents differences of nucleotide sequences. (A) Copper ATPase 1-gene sequences of S. suis PP463 (cps2, ST28), SS470 (cps1/2, ST28), PP423 (cps1/2, ST1133), and PP536 (cps9, ST1105) are represented. Primer sequences of the pathotyping tool are indicated in green. A duplication of a 54 bp long DNA segment in isolate SS470 and deletion of a 21 bp fragment in all represented Swiss isolates could be observed, illustrating a high genetic variability. (B) Corresponding amino acid sequence alignment of Copper ATPase 1 is shown. (C) RM system S protein gene sequences of S. suis PP463 (cps2, ST28), PP423 (cps1/2, ST1133), and PP269 (cps1, ST13) are represented. The forward primer is indicated in green, whereas the reverse primer could not be shown since illustrated Swiss isolates are truncated. (D) Corresponding amino acid sequence alignment of RM systems S protein is shown.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,838 | 0,082 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».