Additional file 1 of Increased CpG methylation at the CDH1 locus in inflamed ileal mucosa of patients with Crohn disease
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Fig. S1. Scheme of the genomic map (5’) proximal from the CDH1 gene. Studied CpGs are figured as CGI, or as lollipops for the 1st enhancer. The rs16260 A/C variant is shown. Fig. S2. ROC curve testing the association between CD and the methylation at the CDH1 locus in ileal mucosa. A logistic regression explored the association between CD and the enhancer CpGs according to the methylation status of CGI. The coefficient of the latter adjustment variable was used to weigh the enhancer CpGs value based on the CGI methylation status. Fig. S3. Correlation of the methylation of the 1st enhancer studied CpGs in the mucosa of pooled CD and control patients. R (p value). Fig. S4: Correlation of the methylation of the 1st enhancer studied CpGs in PBMC of pooled CD and control patients. R (p-value). Fig. S5. Methylation of the 1st enhancer CpGs in (A) mucosa; (B) PBMC of patients with CD or controls, according to the methylation status of the CGI. No significant differences were detected. Table S1. Complete individual methylation data in the studied CD patients and controls. Table S2. Methylation in mucosa does not depend on rs16260 (C>A) genotype. However, we observed non-significant trend for increased CGI methylation in patients with CC genotype. No had AA genotype was present. Mean (±SD); decimal values rounded to the nearest integer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,865 | 0,098 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».