Additional file 1 of Functional characterization of fungal lytic polysaccharide monooxygenases for cellulose surface oxidation
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1: Product released by 5 μM C1 LPMOs after 16 h on PASC (0.1%), Avicel (1%), and SA-Avicel (1%)with 1 mM ascorbic acid as the electron donor. For each substrate, T. reesei cellulase cocktail was used to convert all C1-oxidized products into cellobionic acid, which was then quantified by HPAEC-PAD and reported as the total C1-oxidized ends generated (nanomoles per mg of starting fiber). Each bar is the average of three independent assays measured singly by HPAEC-PAD, with error bars indicating the standard error of the mean. Figure S2: Brightfield (A) and confocal (B) images of untreated SA-Avicel labelled using rhodamine chloride. 1% SA-Avicel with 1 mM of gallic acid was incubated at 50 °C for 24 h. Insoluble products were separated, labelled with fluorescent dye, and visualized using confocal microscopy. Figure S3: Process schematic for LPMO treatment of cellulosic substrates and subsequent soluble and insoluble product analysis. PASC (0.1%), Avicel (1%), and SA-Avicel (1%) were treated with LPMOs using either ascorbic acid, gallic acid, or cysteine as the electron donor. Insoluble products were separated from soluble products using centrifugation. For the soluble products analysis, HPAEC-PAD was used to annotate native and oxidized cello-oligosaccharide peaks. To quantify the C1-oxidized products, T. reesei cellulase cocktail was used to convert all C1-oxidized products into cellobionic acid, which was then quantified by HPAEC-PAD and reported as the total C1-oxidized ends generated (nanomoles per mg of starting fiber). For insoluble product analysis, separated insoluble products were labelled with either C1-specific or C4-specific fluorescent dye and subsequently visualized using confocal microscopy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,840 | 0,195 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».