Additional file 1: of Seasonal, spatial, and maternal effects on gut microbiome in wild red squirrels
Notice bibliographique
Résumé
Figure S1. Principal coordinate analysis (PCoA) of red squirrel gut microbial communities in grid KL based on Bray-Curtis distance. Samples are colored by sampling season. The percentage of the variation explained by the first three coordinates is indicated on the axes. Figure S2. Time-decay of the red squirrel gut microbial communities. Each dot represents a comparison between two samples of the same individual collected at different time points. The colors of dots represent the combination of seasons when the two samples were collected. Y-axis represents the microbiota similarity. The similarity decay as a function of time best fits a power law (blue line). The shade shows the 95% confidence bounds. Figure S3. The composition of red squirrel diet across 3 years aggregated by month. Each color represents a different dietary item. Figure S4. Seasonal rhythm in the alpha diversity of red squirrel gut microbiota. Species richness is estimated by Chao1 index. Figure S5. Key hub species in OTU co-occurrence network vary by season. The co-occurrence network is displayed using Cytoscape with the Prefuse Force Directed (edge betweenness) layout. Negative correlations are represented by red edges and positive correlations by green. Each node represents an OTU with > 0.1% relative abundance and is colored by bacterial family to which it belongs. Key hub OTUs are labeled with their IDs, genus names, and the numbers of positive and negative edges. Figure S6. Principal coordinate analysis (PCoA) of red squirrel gut microbial communities across six grids based on Jaccard distance. Samples are colored by food supplement status. The percentage of the variation explained by the first three coordinates are indicated on the axes. Figure S7. Locations of study grids along the Alaska Highway in the southwest Yukon (61°N, 138°W) near Kluane National Park. (Adopted from 73) Each grid is labeled with the number of samples collected and the food supplement status. Table S1. Properties of OTU networks in three seasons. (PDF 903 kb)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,847 | 0,093 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».