Additional file 3 of Genome-wide identification, evolutionary and functional analyses of KFB family members in potato
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3 Fig. S1. Gene duplication analysis of potato genome. The local database of potato protein sequences was established by Makeblastdb program. And pairwise comparisons were made between potato protein sequences by Blastp with E-value ≤1e-10. The gene duplication analysis result was obtained by duplicate_gene_classifier program provided in MCScanX software. Singleton: single copy genes; Proximal: adjacent but discontinuous repetitive genes on the same chromosome; Tandem: tandem duplications; WGD or segmental: whole genome duplications or segmental duplications; Dispersed: dispersed genes. Fig. S2. Sequence logos of conserved motifs in StKFB proteins. The 20 conserved motifs of the putative StKFB proteins were identified by MEME software v5.3.0. Fig. S3. The correlation analysis between the expression patterns of StKFBs in diverse potato tissues (a), in potato plants with different treatments (b) and in three colored potato tubers (c). The correlation between the expression levels (FPKM values) of StKFBs was analyzed by Pearson’s correlation coefficient and plotted using the corrplot package v. 0.92 ( https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/ ). Fig. S4. Dissociation curves of primers for qRT-PCR. Dissolution curves were obtained by heating the amplicon from 60 °C (5 s) to 95 °C (50 s) on CFX96 PCR System (Bio-Rad, USA). Fig. S5. Comparison of the expression levels of the 9 selected StKFB genes determined by qRT-PCR and transcriptome sequencing. The boxplots were plotted using tidyverse v. 1.3.1, cowplot v. 1.1.1, ggplot2 v. 3.3.5 and ggsci v. 2.9 packages in RStudio. Values are means ± SD of three replicates in each experiment. Bars with different lowercase letters represent significant difference at p < 0.05. Fig. S6. Conserved domain analysis of StKFB01, AtFKF1, OsFKF1 and StKFB27. The conserved domain analysis was conducted by Conserved Domain Search tool ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi ) in NCBI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,812 | 0,146 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».