Additional file 1 of FGF1 supports glycolytic metabolism through the estrogen receptor in endocrine-resistant and obesity-associated breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Fig. S1 Analysis of human breast tumors. Kaplan–Meier curves of recurrence-free survival percent for all patients with breast cancer (A-B) or patients with ER-negative breast cancer (C-D) based on high or low SLC16A3/MCT4 (left) or GFM2 (right). Data analyzed by log rank test. Fig. S2 Steady-state phospho-proteomics analysis of ER-positive breast cancer cells. (A) Heatmap shows the hierarchical clustering of protein phospho-site abundance normalized to total protein data in MCF7 and MCF7 TAMR cells treated with Veh, E2 (10nM), or FGF1 (5ng/mL) for 15 minutes, emphasizing enriched phospho-proteins in E2-treated conditions. (B) Diagram of residues phosphorylated in MCF7 TAMR (green) versus MCF7 (pink) cells. (C) Heatmap shows the hierarchical clustering of protein phospho-site abundance normalized to total protein data in MCF7 and MCF7 TAMR cells treated with Veh, E2 (10nM), or FGF1 (5ng/mL) for 15 minutes, emphasizing enriched phospho-proteins in FGF1-treated conditions. (D) Diagram of residues phosphorylated in MCF7 TAMR (green) versus MCF7 (pink) cells treated with FGF1. For both diagrams, red sites are more phosphorylated in MCF7 TAMR and blue sites are more phosphorylated in MCF7 (decreased in MCF7 TAMR) in vehicle control conditions. The connecting lines represent high-stringency protein–protein interactions identified using STRING network analysis (see "Methods"). Fig. S3 Analysis of MAPK and ER in breast cancer cells. Full representative capillary immunoblot images of multiplex evaluation of vinculin (loading control), pER-S118, pER-S167, total ER, pMAPK, or total MAPK in MCF7 cells, MCF7 TAMR cells, or UCD12 cells treated with vehicle (Veh), E2 (10 nM), FGF1 (5 ng/mL), or E2+FGF1 for 15 minutes following an overnight starve. Fig. S4 Analysis of UCD12 tumors from LF- and HF-fed mice. (A) Light exposure capillary immunoblot images of pER-S118 along with pMAPK (top), or total ER along with total MAPK (bottom) in UCD12 tumor lysates from LF- or HF-fed mice treated with E2 or EWD. N=3 separate tumors per group. (B) Full representative capillary immunoblot image of UCD12 tumor lysates at a light exposure to show vinculin loading control.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,879 | 0,156 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».