Additional file 2 of A minimized symbiotic gene set from the 1.68 Mb pSymB chromid of Sinorhizobium meliloti reveals auxiliary symbiotic loci
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Fig. S1. Schematic for capture of pSymB regions B108, B109, and B123 and creation of SmB1.0 via their integration into a ΔpSymB background strain. A. (1) Conjugal transfer and subsequent integration of two integrative plasmids harbouring mutant loxP sites to the right flank of B109 (purple) and the left flank of B123 (blue) into a strain of S. meliloti in which the S. fredii ETR region has been integrated into the chromosome (orange). (2) Transduction of a promoterless cre integrative plasmid into pSymB downstream of the taurine inducible promoter PtauA. (3) Resultant strain now contains loxP sites flanking the B301 region (yellow) to be deleted, that are recombined by Cre which is expressed by the addition of 10 mM taurine. (4) Conjugal transfer and subsequent integration of two integrative plasmids harbouring FRT sites to the left flank of B108 (red) and the right flank of B123 (blue) of the now adjacent B108/B109/B123 symbiotic regions. B. (1) Conjugal transfer of the PCA-inducible Flp expression plasmid pTH2505 into the S. meliloti recipient with FRT sites flanking B108/B109/B123. (2) Triparental mating and concurrent expression of Flp in the now S. meliloti donor with an E. coli recipient DH5αR. (3) Captured B108/B109/B123 regions in E. coli are re-introduced into a ΔpSymB recipient via conjugation and subsequently integrated into the chromosome at an attB landing pad via chromosomally expressed ΦC31 integrase. (4) Resultant minSymB1.0 strain with the S. fredii ETR region and B108/B109/B123 regions integrated into the chromosome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,857 | 0,243 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».