Additional file 5 of Deciphering glial contributions to CSF1R-related disorder via single-nuclear transcriptomic profiling: a case study
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 5 (PDF 11357 KB). Supplementary Fig. 1. UMAP plots showing selected top marker genes for each of the five microglia cell states, including phagocytic AD-associated (a), homeostatic (b), pro-inflammatory CSF1R-RD-associated (c), autophagy CSF1R-RD-associated (d), and peripheral monocyte-derived macrophages (e). Supplementary Fig. 2. CSF1R expression levels in microglia clusters. a UMAPs showing the distribution of CSF1R-RD, healthy, and AD nuclei. b Dot plot and violin plot displaying the gene expression levels of CSF1R in CSF1R-RD, healthy, and AD groups. c UMAP, dot plot and violin plot depicting the gene expression levels of CSF1R in microglia clusters. d Dot plot and UMAP depicting the gene expression levels of TREM2 in microglia clusters. e Dot plot and violin plot showing the gene expression levels of CSF1R in samples. *FDR < 0.05, **FDR < 0.01, ****FDR < 0.0001 (FDR-adjusted p-values using MAST). Supplementary Fig. 3. GPNMB and Iba1 immunohistochemistry in frontal cortex (a–d), anterior cingulate (e–h), and cerebellum (i–l; ml: molecular layer; gl: granular cell layer) in CSF1R-RD. Representative images of frontal cortex from a healthy donor (m,n) demonstrates Iba1+ ramified microglia. Dashed lines indicate borders between gray matter (gm) and while matter (wm). Scale bars: 200 µm (a, c, e, g, i, k, m); 50 µm (b, d, f, h, j, I, n). Supplementary Fig. 4. snRNAseq of astrocyte cell states in CSF1R-RD. a UMAP plots showing the contributions from CSF1R-RD, healthy control, and AD (left), and from each individual sample (right) to the dataset. b UMAP and bar plots showing the four annotated astrocyte states (A0–A3). c Contribution of each astrocyte state per sample. d Contribution of each disease group to each astrocyte state cluster. e Dot plot showing top astrocyte cell state marker genes per cluster (A0: homeostatic; A1–3: reactive). Supplementary Fig. 5. UMAP plots showing selected top marker genes for each of the three oligodendroglia cell states (O1–O3; a–c).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,787 | 0,068 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».