Additional file 5 of Deciphering glial contributions to CSF1R-related disorder via single-nuclear transcriptomic profiling: a case study
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 5 (PDF 11357 KB). Supplementary Fig. 1. UMAP plots showing selected top marker genes for each of the five microglia cell states, including phagocytic AD-associated (a), homeostatic (b), pro-inflammatory CSF1R-RD-associated (c), autophagy CSF1R-RD-associated (d), and peripheral monocyte-derived macrophages (e). Supplementary Fig. 2. CSF1R expression levels in microglia clusters. a UMAPs showing the distribution of CSF1R-RD, healthy, and AD nuclei. b Dot plot and violin plot displaying the gene expression levels of CSF1R in CSF1R-RD, healthy, and AD groups. c UMAP, dot plot and violin plot depicting the gene expression levels of CSF1R in microglia clusters. d Dot plot and UMAP depicting the gene expression levels of TREM2 in microglia clusters. e Dot plot and violin plot showing the gene expression levels of CSF1R in samples. *FDR < 0.05, **FDR < 0.01, ****FDR < 0.0001 (FDR-adjusted p-values using MAST). Supplementary Fig. 3. GPNMB and Iba1 immunohistochemistry in frontal cortex (a–d), anterior cingulate (e–h), and cerebellum (i–l; ml: molecular layer; gl: granular cell layer) in CSF1R-RD. Representative images of frontal cortex from a healthy donor (m,n) demonstrates Iba1+ ramified microglia. Dashed lines indicate borders between gray matter (gm) and while matter (wm). Scale bars: 200 µm (a, c, e, g, i, k, m); 50 µm (b, d, f, h, j, I, n). Supplementary Fig. 4. snRNAseq of astrocyte cell states in CSF1R-RD. a UMAP plots showing the contributions from CSF1R-RD, healthy control, and AD (left), and from each individual sample (right) to the dataset. b UMAP and bar plots showing the four annotated astrocyte states (A0–A3). c Contribution of each astrocyte state per sample. d Contribution of each disease group to each astrocyte state cluster. e Dot plot showing top astrocyte cell state marker genes per cluster (A0: homeostatic; A1–3: reactive). Supplementary Fig. 5. UMAP plots showing selected top marker genes for each of the three oligodendroglia cell states (O1–O3; a–c).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,993 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».