A qRT-PCR method to evaluate viability of potato cyst nematode (<i>Globodera</i> spp.)
Notice bibliographique
Résumé
Potato cyst nematodes (PCN) – <i>Globodera rostochiensis</i> and <i>G. pallida</i> – cause significant yield losses on potato worldwide. One of the main challenges to PCN management is the ability of PCN to remain dormant in the soil for several decades. For that reason, many countries have strict quarantine regulations for PCN. These regulations, although expensive and restrictive for growers, are necessary to prevent further spread of PCN but should be lifted when no more viable cysts are found. Here, we report a promising qRT-PCR method for the quantification of viable eggs and propose that this method be included in routine testing. The method was successful for quantifying <i>G. ellingtonae, G. rostochiensis</i> and <i>G. pallida</i> and was found to be very sensitive with the systematic detection of a single larva. Intron-flanking probes were used to eliminate the possibility of false positives due to genomic DNA, and an internal control was added to detect failure in PCR due to inhibitors. No amplification occurred during the testing of eggs that had previously received heat treatments or fumigation with methyl bromide. This qRT-PCR assay was used to evaluate the viability of field populations of <i>G. rostochiensis</i> 10 years after the establishment of a quarantine area in Saint-Amable, Quebec, Canada. The number of viable eggs after a decade of regulation was found to be very low and confirmed the effectiveness of the measures put in place. Egg viability was also monitored in microplots following five continuous years of planting resistant potatoes, and no signs of resistance-breaking genotypes were observed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,049 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».