Dichlorination and Bromination of a Threonyl-S-Carrier Protein by the Non-heme Fe II Halogenase SyrB2
Notice bibliographique
Résumé
Biosynthetic tailoring of nonribosomal peptide and polyketide natural products can enhance their biological activities. Tailoring enzymes can introduce alkyl, acyl, or glycosyl groups onto natural product scaffolds and can oxidize or halogenate biosynthetic intermediates. Chlorinated and brominated molecules make up more than 95 % of the more than 4500 known halogenated metabolites. Chloro and bromo substituents are frequently found on aromatic and heteroaromatic rings, and many terpene scaffolds are also brominated and chlorinated by marine microorganisms. Halogenating enzymes discovered to date fall into two categories based on their utilization either of hydrogen peroxide (haloperoxidases) or molecular oxygen (halogenases) as required oxidants. Haloperoxidases can contain either heme iron or a vanadate cofactor, thought to generate enzyme-bound hapohalite equivalents as proximal OCl or OBr. The O2-utilizing halogenases are typically found embedded in biosynthetic gene clusters; this suggests a tailoring role in specific natural product assembly. This second class of enzymes uses either FADH2 or non-heme FeII to activate chloride or bromide oxidatively. The flavoproteins work on electron-rich aromatic and heteroaromatic substrates. The FeII halogenases represent a new branch of the O2 and α-ketoglutarate-decarboxylating superfamily and are powerful enough to halogenate unactivated carbon centers on aminoacyl groups tethered to nonribosomal peptide synthetase assembly lines. Thus, the 4-Cl-L-Thr residue in the phytotoxic lipodepsipeptide syringomycin E (1) is generated by the non-heme FeII halogenase SyrB2 (Scheme 1). Chlorination occurs on the threonyl skeleton only while it is linked via a thioester to a peptidyl carrier protein domain. Remarkably, the cyclopropane ring in the amino acid coronamic acid arises by a similar γ-chlorination of an L-allo-Ile-S-protein by the halogenase CmaB. The γ-chloride is then displaced intramolecularly by a thioester enolate by action of CmaC. Therefore, the CmaB-mediated chlorination is cryptic in cyclopropane formation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».