The invasion process of the European strain of Echinococcus multilocularis in Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
Genetic studies on Echinococcus multilocularis (Em), the causative agent of human alveolar echinococcosis (AE), are essential to understand the ecological and evolutionary processes underlying changes in the geographic distribution of this parasite, and to assess the potential impact on public health. The recent detection of European-like haplotypes circulating in wild hosts in Western Canada, and the unprecedented detection of human AE cases in Alberta, make it a priority to assess the extent of the distribution of this strain and its origin(s) into Canada. The overall aim of my thesis was to investigate the invasion process of the European strain of Em in Western Canada. I reviewed the invasions by parasites with complex-life cycles using the invasion of the European strain as a model to develop an ecological framework for investigating the invasion of parasites transmitted in predator-prey systems. Then, I developed a real-time PCR assay to detect co-infections of Em and E. canadensis in fecal and worm-mixed samples, providing the first evidence of co-infections of these two parasites in red foxes and coyotes, and the first molecularly confirmed record of E. canadensis (G10) in coyotes. When used along with an automated magnetic bead-based DNA extraction method, the real-time PCR test proved to have a high sensitivity to detect Em in fecal samples, increasing efficiency and throughput. The genetic analysis using deep amplicon sequencing and multiple mitochondrial and nuclear markers showed a lower intraspecific diversity and a higher abundance of the European-type haplotypes. Moreover, most genetic variants were closely related to the original European clade, with the dominance of one variant in each province and low genetic diversity of Em, supporting the hypothesis of a relatively recent introduction. The spatial analysis showed a genetic discontinuity between western provinces, suggesting different founder events and isolation by distance of some genetic variants. Finally, although the prevalence of Em infection was higher in red foxes than coyotes, there was a higher proportion of coyotes with high intensity of infection, even at lower population densities than red foxes. Therefore, coyotes might be considered the main spreaders of the European strain in Alberta.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».