Proteogenomic and observational evidence implicate ANGPTL4 as a potential therapeutic target for colorectal cancer prevention
Notice bibliographique
Résumé
Background The role of lipid-perturbing medications in cancer risk is unclear. Methods We employed cis-Mendelian randomization and colocalization to evaluate the role of 5 lipid-perturbing drug targets (ANGPTL3, ANGPTL4, APOC3, CETP, and PCSK9) in risk of 5 cancers (breast, colorectal, head and neck, ovarian, and prostate). We triangulated findings using pre-diagnostic protein measures in prospective analyses in EPIC (977 colorectal cancer cases, 4080 sub-cohort members) and the UK Biobank (860 colorectal cancer cases, 50 177 controls). To gain mechanistic insight into the role of ANGPTL4 in carcinogenesis, we examined the impact of the ANGPTL4 p. E40K loss-of-function variant on differential gene expression in normal colon tissue in BarcUVa-Seq. Finally, we evaluated the association of colon tumor ANGPTL4 expression with cancer-specific mortality in TCGA. Results In analysis of 78 473 cases and 107 143 controls, genetically proxied circulating ANGPTL4 inhibition was associated with reduced colorectal cancer risk (ORSD decrease = 0.76, 95% confidence interval [CI] = 0.66 to 0.89, P = 5.52 × 10−4, PPcolocalization = 0.83). This association was replicated using pre-diagnostic circulating ANGPTL4 concentrations in EPIC (hazard ratio [HR]log10 decrease = 0.91, 95% CI = 0.84 to 0.98, P = .01) and the UK Biobank (HRSD decrease = 0.93, 95% CI = 0.86 to 0.99, P = .03). In gene-set enrichment analysis of differential gene expression in 445 colon tissue samples, ANGPTL4 loss-of-function down-regulated several cancer-related biological pathways (PFDR < .05), including those involved in cellular proliferation, epithelial-to-mesenchymal transition, and bile acid metabolism. In analysis of 465 colon cancer patients, lower ANGPTL4 tumor expression was associated with reduced colorectal cancer-specific mortality risk (HRlog2 decrease = 0.66, 95% CI = 0.50 to 0.87, P = 2.92 × 10−3). Conclusions Our integrative proteogenomic and observational analyses suggest a potential protective role of lower circulating ANGPTL4 concentrations in colorectal cancer risk. These findings support further evaluation of ANGPTL4 as a therapeutic target for colorectal cancer prevention.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».