Unrooted Maximum Likelihood phylogenetic analysis of the concatenated SCAR-MLST dataset.
Notice bibliographique
Résumé
<p>The STs corresponding to haplotypes H17, H24, H27 and H28, being the ancestral lineages in the coalescence gene genealogy analysis, were found to be the most basal lineages when rooted with <i>C. gattii</i> AFLP4. Populations are indicated as AFR (Africa), AUS (Australasia), EUR (Europe), NA (North America) and SA (South America), followed by symbols indicating clinical (), environmental (♣) and/or veterinary (•) strains within the given ST. The most ancestral lineage H17 is indicated by a tree to highlight its environmental origin from a tree in pristine Amazon rainforest in Northern Brazil. STs that fell into H01 as the major genotype AFLP6A/VGIIa Vancouver Island outbreak lineage, H02 as the case cluster of <i>C. gattii</i> infections among psittacine birds in Brazil, H03 the minor genotype Vancouver Island outbreak lineage (ST4 and ST5), and the recently emerged genotype AFLP6C/VGIIc outbreak in the Pacific Northwest (ST39) are indicated with symbols referring to their respective origin (e.g. human referring to human infections, cat representing veterinary cases, dolphin representing infections among sea animals) (Fig. 1; <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0071148#pone-0071148-t001" target="_blank">Table 1</a> and <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0071148#pone.0071148.s009" target="_blank">S3</a>). Bootstrap values are given for branches that are highly supported (≥75).</p>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,460 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».