Data from: Assessing conservation risks to populations of an anadromous Arctic salmonid, the northern Dolly Varden (Salvelinus malma malma), via estimates of effective and census population sizes and approximate Bayesian computation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Census population size (Nc) is crucial to the development of resource management strategies, however, monitoring the effective population size (Ne) of managed populations has proliferated because of this parameter’s relationship to the short-term impacts of genetic stochasticity and long-term population viability. Thus, having a sound understanding of both Nc and Ne, including population connectivity, provides valuable insights into both the demographic and genetic risks to extinction. Here, we assessed microsatellite DNA variation in four (of five known) anadromous northern Dolly Varden (NDV, Salvelinus malma malma) populations from Canada’s western Arctic region, to estimate Ne using both temporal-based and single-sample estimators and to test for associations between Ne and Nc. We also employed approximate Bayesian computation (ABC) to evaluate several evolutionary scenarios that have potentially shaped contemporary population structure in this species, focusing particularly on population size and connectivity. We found evidence for moderate to large contemporary and historical Ne, suggesting that short- and long-term extinction risks are low for these populations. Estimates of contemporary and long-term Ne were variable within and among populations and overall estimates could not be reliably linked with Nc or available spawning habitat. The overall estimate of Ne/Nc, was 0.152 and ranged from 0.024 to 0.442 when including errors around the estimate of Ne and Nc. Finally, ABC analyses suggest that NDV had a common origin followed by divergence in isolation while maintaining large effective sizes, but also that these populations were bottlenecked in the past, likely the result of post-glacial colonization processes. These results corroborate indications of limited gene flow at present, indicating independent demographic and evolutionary trajectories that imply NDV is best managed on a per-river-population basis. Overall, the results of this study further our general understanding of Ne, Ne/Nc and demographic independence in NDV, and provide a comprehensive and quantitative assessment of the potential genetic and demographic risk status of Arctic anadromous salmonids, including baselines for future monitoring.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».