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Enregistrement W6960972773 · doi:10.1371/journal.pone.0096541.g003

Down-regulation of podoplanin expression in TPC1 cells following transfection with PDPN-specific siRNA.

2015· other· en· W6960972773 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2015
Typeother
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTransfectionPodoplaninPropidium iodideAnnexinCell cultureFlow cytometryApoptosisCancer cell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<p>A. RT-qPCR analysis of PDPN mRNA levels in TPC1 thyroid cancer cells 48 h after transfection with 30 nM siRNA specific for PDPN (siPDPN) or a negative control siRNA (siNEG). The results were normalized to the 18S rRNA level and bars represent the average fold change in PDPN transcript abundance in cells transfected with siPDPN compared with cells transfected with siNEG. The results are representative of four independent experiments. Data are presented as the mean ±SEM, **<i>P</i><0.001. B. Western blot analysis of podoplanin and β-actin proteins in TPC1 cells before (0 h) and 48 h after transfection with siPDPN and control siNEG. C. Immunofluorescence staining of podoplanin protein in TPC1 cells transfected with siPDPN and control siNEG. Cells were stained with anti-PDPN monoclonal antibody D2-40 followed by DyLight549-conjugated secondary antibody (red), and counterstained with DAPI (blue). Magnification 1000x. D. Effect of PDPN on cell viability. D, left panel. Proliferation was measured at 24 and 48 h after transfection of TPC1 cells with siPDPN or control siNEG. Cells seeded in 96-well plates were treated with XTT mixture reagent and formazan formation was measured at 450 nm to determine the number of viable cells. Data are expressed as the mean ±SEM of at least three independent experiments performed in quintuplicate. D, right panel. Apoptosis was measured at 48 h after transfection of TPC1 cells with siPDPN or control siNEG. Cells were collected and stained with FITC Annexin V and propidium iodide, followed by flow cytometry. Representative measurements of the percentage of Annexin V+ cells are presented. Each bar represents the mean ±SEM of at least three independent experiments performed in quadruplicate. E. Function of podoplanin in cell adhesion. TPC1 cells transfected with siPDPN display adhesion capacity comparable to those of siNEG-transfected cells. Briefly, 8000 transfected cells were seeded in the wells of 96-well plates. After incubation for 24 or 48 h, the cell monolayers were washed, fixed with 4% formaldehyde for 15 min and stained with crystal violet (Merck, USA). The stained cells were lysed by treatment with 2% SDS, then the intensity of the released stain was quantified by spectrophotometry at 550 nm using a Labsystems Multiscan RC microplate reader (Thermo Fisher Scientific, Canada). Data represents three separate experiments.</p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,492
Score d'incertitude au seuil0,992

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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