Sequence relationship of FL-RhCMV with NHP CMVs.
Notice bibliographique
Résumé
<p>A phylogenetic tree for FL-RhCMV and rodent and primate CMVs was constructed based on full genome alignments using the Geneious Prime Tree Builder application. Sequences previously published include RhCMV 180.92 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref037" target="_blank">37</a>] as well as the RhCMV isolates 19262, 19936 and 24514 and the Cynomolgus CMV isolates 31906, 31907, 31908 and 31909 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref041" target="_blank">41</a>]. We also included the published sequences for the CyCMV strains Ottawa [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref046" target="_blank">46</a>] and Mauritius [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref047" target="_blank">47</a>], the simian (African green monkey) CMV isolates Colburn [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref094" target="_blank">94</a>], GR2715 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref045" target="_blank">45</a>] and stealth virus 1 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref095" target="_blank">95</a>] as well as the BaCMV strains OCOM4-37 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref096" target="_blank">96</a>] and OCOM4-52 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref097" target="_blank">97</a>] and the DrCMV strain OCOM6-2 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref097" target="_blank">97</a>]. For comparison we included the HCMV TR3 strain [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref034" target="_blank">34</a>], the chimpanzee CMV strain Heberling [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref098" target="_blank">98</a>] and the only two complete genome sequences of new world NHP CMVs, Aotine betaherpesvirus 1 (AoHV-1) strain S34E [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref099" target="_blank">99</a>] and Saimiriine betaherpesvirus 4 (SaHV-4) strain SqSHV [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref100" target="_blank">100</a>]. New genome sequences included in this alignment are as follows: the two RhCMV isolates 34844 and KF03, the CyCMV isolate 31709, the Japanese macaque CMV JaCMV 24655 and the two baboon CMVs BaCMV 31282 and 34826. These CMVs were isolated from fibroblast co-cultures of urine samples obtained from NHP housed either at the Oregon National Primate Research Center (ONPRC) or the Tulane National Primate Research Center (TNPRC). Also included in the alignment are the genomic sequences of the previously published RhCMV isolates UCD52 and UCD59 that originated at the UC Davis National Primate Research Center [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref029" target="_blank">29</a>,<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref030" target="_blank">30</a>]. The rodent CMVs include the rat CMV (RCMV) isolates Maastricht [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref101" target="_blank">101</a>], England [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref102" target="_blank">102</a>] and Berlin [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref103" target="_blank">103</a>], the guinea pig CMV (GPCMV) isolate 22122 [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref104" target="_blank">104</a>] and the murine CMV (MCMV) strain Smith [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.1008666#ppat.1008666.ref105" target="_blank">105</a>], which was used as an outgroup.</p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,060 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».