Causal Association Between Peripheral Blood Immune Cells and Spondyloarthritis Phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
Objectives Complex genetic signatures in immune cells underlie SpA phenotypes, including axial SpA and psoriatic disease. Recently, GWAS data for these 731 immune traits can be found in the IEU Open GWAS project from a cohort of 3,757 Sardinians noted 122 significant independent association signals, over 40% overlapped with autoimmune disease.[1] However, a possible causal relationship between immune cells and disease cannot be determined. To evaluate the causal association between immunological characteristics and ankylosing spondylitis (AS), psoriatic arthritis (PsA), and psoriasis (PsV), a bidirectional, two-sample Mendelian randomization (MR) approach was performed in this study. Methods 1462 pts with AS, 1553 pts with PsA, and 4510 patients with psoriasis were analyzed. The control population ranged from 147,221 to 212,242 samples, and over 16 million SNPs were used in the analysis. Instrument selection for MR included single-nucleotide variations (SNVs) with a genome-wide significance threshold of 5 × 10^-8 for AS, PsA, and PsV and a Genome-wide significance threshold of 5 × 10^-6 for immune traits. MR was assessed using the Inverse variance weighted (IVW) method. Results For immune cells leading to AS, the top 2 associations were HLA-DR on CD14-CD16+ monocytes [OR 0.66 (0.54-0.8200), p=0.00010] and HLA-DR+CD4+ T cell absolute count [OR 1.77 (1.25-2.49), p=0.00117]. For immune cells leading to PsA, the top 2 associations were CD8 on terminally differentiated CD8+ T cell [OR 1.33 (1.15-1.53, p=.00009] and Hematopoietic Stem Cell Absolute Count [OR 1.13 (1.04, 1.24), p=0.00432]. Finally, for immune cells leading to psoriasis, the top 2 associations were CD28-CD4-CD8- T cell absolute count [OR 0.89 (0.83-0.95), p=0.00069] and CD8 on terminally differentiated CD8+ T cell [OR 1.19 (1.07-1.32), p=0.00099]. The p-values reported are not corrected for multiple testing. Conclusion Multiple immune cells leading to SpA phenotypes have been identified. Some of these cell types, such as HLA-DR on CD14-CD16+ monocytes and double negative T cells (CD4-CD8-), have already been implicated in the pathogenesis of SpA. Further interrogation of the data may help link specific immune cell subtypes to immune-mediated disorders, identify candidate causal candidate genes, establish the direction of effect, and offer new insight into the pathogenesis of the disease. [1.] Orrù V. Nat Genet 2020;52:1036-1045.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».