Supplementary data for the thesis Reconstructing the Demographic History of the Pacific Nudibranch Genus Hermissenda
Notice bibliographique
Résumé
The Pacific nudibranch Hermissenda crassicornis (sensu lato) is a well-known model organism in neuroscience. This species was recently split into three pseudocryptic species based on differences in genetics, morphology, and behaviour. We used ddRADSeq data from 33 individuals (2354 loci) and coalescent isolation-with-migration models to estimate the demographic history of the clade. We inferred (1) a novel phylogenetic tree topology, (2) relatively old divergence times (0.55 and 1.29 mya), (3) a much larger population size in the southern species H. opalescens, and (4) no gene flow between the sympatric species H. crassicornis and H. opalescens. We then used forward simulations to investigate the plausibility of these results. Preliminary simulations suggest the inference approach applied to the Hermissenda data may be incorrectly estimating the older split, an observation needing further study. Overall, our results support the need to reassess previous studies that used H. crassicornis (sensu lato) as a model organism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,023 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,008 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,021 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».