Characterizing the in vivo role of Scabin, a mono ADP- ribosyltransferase from the common scab pathogen Streptomyces scabiei
Notice bibliographique
Résumé
Common scab is a widespread bacterial disease of potato and other root and tuber crops. The disease is characterized by the presence of superficial, raised or deep-pitted lesions on the surface of the potato tuber, and these lesions reduce the market value of the crop to cause major economic losses for farmers. To date, no fully resistant potato cultivar exists, and current management strategies are largely inadequate or inconsistent. Therefore, studying the virulence factors of the most prominent causative agent, Streptomyces scabiei, is of high importance. Recently, a new putative virulence factor called Scabin was identified in the genome of S. scabiei. Scabin is a mono ADP-ribosyltransferase that possesses in vitro activity towards DNA, RNA and small guanosine-containing molecules, a rare activity for this group of enzymes that typically target proteins. However, the in vivo target and role of Scabin remains unknown. The purpose of this study has been to investigate the function of Scabin and determine if it plays a role in S. scabiei pathogenesis. To achieve this, a scabin knockout mutant was created, and the mutant together with wild-type S. scabiei and a scabin overexpression strain were tested in several plant bioassays. The morphology of the mutant and overexpression strain was examined when the strains were cultured on several distinct agar media. The conditions under which scabin is expressed were investigated using RT-PCR, and subsequently, it was discovered that scabin is co-transcribed with a neighbouring gene, SCAB_27781, suggesting they are functionally linked. The distribution of Scabin and SCAB_27781 homologues in other Streptomyces species and the relative positions of the corresponding genes in each species were mapped out, and regions of interest in both proteins were predicted using various bioinformatic tools. This study is the first to investigate possible in vivo roles for Scabin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».